Pángenom forrásának megtekintése

A molekuláris biológiában a '''pángenom''' (vagy '''szupragenom''') tartalmazza az egy [[faj]]hoz tartozó lehetséges [[gén]]ek teljes választékát – általában [[baktériumok]]ra és [[archeák]]ra használják a kifejezést, melyeknek még közeli [[törzs (genetika)|törzsei]] között is nagy változatosság lehet a géntartalomban. Egy faj összes törzsei génkészleteinek [[unió (halmazelmélet)|unióját]] értjük alatta.<ref name="medini2005">{{cite journal |author=Medini D, Donati C, Tettelin H, Masignani V, Rappuoli R |title=The microbial pan-genome |journal=Curr. Opin. Genet. Dev. |volume=15 |issue=6 |pages=589–94 |date=December 2005 |pmid=16185861 |doi=10.1016/j.gde.2005.09.006 }}</ref> A pángenom jelentősége [[evolúció]]s kontextusban mutatkozik meg, főként a [[metagenomika|metagenomikában]] releváns,<ref>{{cite journal |author=Reno ML, Held NL, Fields CJ, Burke PV, Whitaker RJ |title=Biogeography of the Sulfolobus islandicus pan-genome |journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. |volume=106 |issue=21 |pages=8605–10 |date=May 2009 |pmid=19435847 |doi=10.1073/pnas.0808945106 |pmc=2689034 }}</ref> de szélesebb [[genomika]]i kontextusban is használatos.<ref>{{cite journal |author=Reinhardt JA, Baltrus DA, Nishimura MT, Jeck WR, Jones CD, Dangl JL |title=De novo assembly using low-coverage short read sequence data from the rice pathogen Pseudomonas syringae pv. oryzae |journal=Genome Res. |volume=19 |issue=2 |pages=294–305 |date=February 2009 |pmid=19015323 |pmc=2652211 |doi=10.1101/gr.083311.108 }}</ref>
A „pán” [[genom]] több részre osztható.
Tartalmazza a valamennyi törzsben jelenlévő „mag” genomot ''(core genome)'', melyet a fajra jellemző, erősen konzervált „váz” gének sora alkot. Ez általában az alapvető anyagcsere-folyamatokban részt vevő géneket tartalmazza.
A maggenomot változatos géntartalmú, az adott törzsre specifikus genomi szigetek, a „járulékos” genom ''(dispensable genome)'' szakítják meg. Ezek két vagy több törzsben is megjelennek. A járulékos genom többnyire mobilis genetikai elemeket, virulenciafaktorokat hordoz, illetve a törzsre specifikus különleges életkörülményekhez való alkalmazkodást lehetővé tevő géneket.
Meg szokás még említeni az egyetlen törzsben megjelenő, egyedi géneket ''(unique genes)''.<ref name="medini2005"/><ref>{{Cite web |url=http://doktori.bibl.u-szeged.hu/1453/1/Cs%C3%B6rg%C5%91B_doktori.pdf |title=Csörgő Bálint: Redukált genomú Escherichia coli törzs genetikai stabilitásának növelése az indukálható DNS-polimerázok kiiktatásával (PhD-értekezés) |accessdate=2014-09-03 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20140904063105/http://doktori.bibl.u-szeged.hu/1453/1/Cs%C3%B6rg%C5%91B_doktori.pdf |archivedate=2014-09-04 }}</ref>
== Példák ==
A mag- és a pángenom méretének összehasonlítását elvégezték például a [[Prochlorococcus]] esetében. A maggenom logikusan sokkal kisebb a pángenomnál.<ref>{{Cite web |url=http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.0030231 |title=Archivált másolat |accessdate=2014-09-03 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20210213010322/https://journals.plos.org/plosgenetics/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.0030231 |archivedate=2021-02-13 }}</ref>
==Kapcsolódó szócikkek==
* [[Kvázifaj]]ok, [[John Maynard Smith]] hasonló elképzelése.
==Jegyzetek==
{{jegyzetek}}
[[Kategória:Evolúció]]
[[Kategória:Genomika]]