Karrierjét Brazíliában kezdte, ahol az América FC, a Flamengo és a Cruzeiro csapataiban játszott. Majd Ronaldo ajánlására az olasz Internazionale-hoz igazolt a Serie A-ba. Itt egy évet töltött, majd visszatért Brazíliába, a Vasco da Gama-hoz. Egy-egy évet töltött ezután a Grêmio és a São Caetano csapatainál, majd 2004-ben ismét európai klubhoz igazolt: a német Hertha BSC Berlin-hez.
Gilberto 2008. január 31-én, 2 millió fontért igazolt Angliába a Tottenham Hotspur-höz,[2] de sérülés miatt csak március 6-án debütált a csapatban a PSV Eindhoven ellen az UEFA-kupában. A félidőben azonban Jamie O’Hara váltotta, miután egy hibáját követően a PSV szerezte meg a vezetést -és egyben a mérkőzés egyenlen gólját.[3]Juande Ramos menedzser a találkozó után azt nyilatkozta, nem a hibája miatt cserélte le Gilbertót.
Gilberto az első brazil játékos a Tottenham felnőttcsapatában. A klub korábbi brazil játékosai, Rodrigo Defendi és Diego Bortolozzo csak a tartalékok között játszott.[4]
Első Premier League mérkőzésén, a West Ham United ellen csereként beállva gólt szerzett; csapata harmadik gólját. A mérkőzés 4–0-s Tottenham sikerrel végződött.[5]
Flamengo
Tottenham Hotspur
